Chemistry Around Us

Rabu, 04 Januari 2012

KIMIA KOMPUTASI

KIMIA KOMPUTASI

Kimia komputasi merupakan suatu cara termudah untuk melakukan penelitian. Dengan kimia komputasi kita dapat menghemat waktu kita, kita tidak perlu selalu pergi ke lab dan penelitian dapat dilakukan kapan saja dan dimana saja. Selain itu dengan menggunakan kimia komputasi akan lebih menyenangkan karena banyak fitur-fitur nenarik dan gambar-gambar yang menarik yang akan membuat belajar kimia komputasi menjadi fun. so, belajar kimia akan lebih fun dengan belajar kimia komputasi walaupun belajar kimia emang fun :)

Link penyedia software kimia

- scistore.cambridgesoft.com/Chem

- www.cambridgesoft.com

- linksoftware.in/elkaychemicals.asp

- www.chemistry-software.com/

- www.educational-software-directory.net/science/chemistry

ANALISA PADA HYPER CHEM

Input Struktur dan Manipulasi

1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.

2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.

3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan HyperChem’s model builder.

4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.

Display Molekular (Molecular Display)

Pilihan rendering : Ball-and-stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highlighting. Juga vdW dots, cylinders dan overlapping spheres.

Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.

3D Isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.

Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces, Gouraud shaded surface.

Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik , energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.

Animasi mode vibrasi dari spektra IR

Kimia Komputasi

Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.

Jenis Perhitungan

Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.

1. Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi)

2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.

3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.

4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.

a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap system molecular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.

b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua metodologi synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).

5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau temperatur konstan.

6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implicit molekul-molekul pelarut.

7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh system yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

Metode Komputasi

1. Metode mekanika kuantum ab initio.

• Tersedia pilihan beberapa himpunan basis di dalam program ini. Himpunan basis standar yang biasa digunakan antara lain STO-3G, 3-21G, 6-31G* dan 6-31G**.
• Fungsi-fungsi basis ekstra (s, p, d, sp, spd) dapat ditambahkan ke atom-atom individual atau ke sekelompok atom.
• Pengguna juga dapat mendefiniskan himpunan basisnya sendiri atau memodifikasi himpunan basis yang telah ada dengan menggunakan HyperChem‘s documented basis set file format.

2. Mekanika Kuantum Semiempirik.

• HyperChem menawarkan sepuluh metode molekular orbital semiempirik, dengan pilihan untuk senyawa dan senyawa-senyawa gugus utama, untuk senyawa transisi dan untuk simulasi spektra.
• Metode yang tersedia adalah Extended Huckel (oleh Hoffmann), CNDO dan INDO (oleh Pople dkk.), MINDO3, MNDO, MNDO/d dan AM1 (oleh Dewar dkk.) PM3 (oleh Stewart), ZINDO/1 dan ZINDO/S (oleh Zerner dkk.).

3. Mekanika Molekuler

HyperChem dapat digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul 3D, dengan pilihan 4 metode mekanika molekular, teknik optimasi geometri untuk mendapatkan struktur stabil, dan teknik dinamika molekular untuk mendapatkan pencarian konformasi dan menginvestigasi perubahan struktur.

Penerapan metode mekanika molekular:

- Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struktur analog (deret homolog).

- Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selektifnya

- Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk perhitungan dengan metode kimia kuantum.

- Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antara reaktif.

Empat metode medan gaya (force field) memudahkan kita untuk mengeksplorasi stabilitas dan dinamika sistem molekular untuk senyawa yang mempunyai massa atom besar.
Untuk keperluan umum digunakan MM+, sedangkan untuk biomolekul dapat digunakan salah satu dari tiga metode medan gaya: AMBER, BIO+ dan OPLS.

MM+
• Sesuai untuk sebagian besar spesies non-biologi.
• Berdasarkan MM2 (1977) yang disusun oleh N.L. Allinger
• Menggunakan himpunan parameter 1991.
• Akan menjadi parameter default dalam kasus parameter MM2 tidak tersedia

AMBER

- Sesuai untuk digunakan pada polipeptida dan asam nukleat dengan senua atom hidrogen diikutkan dalam perhitungan.

- Medan gaya AMBER force field disusun oleh Kollman.

- OPLS

- Didesain untuk perhitungan asam nukleat dan peptida.

- OPLS disusun oleh Jorgensen.

- Parameter interaksi tak berikatan dioptimasi dari perhitungan dengan pelarut termasuk di dalamnya.

BIO+
- Dikhususkan untuk perhitungan makromolekul.
- Medan gaya CHARMM disusun oleh Karplus.
- Disusun Primarily designed to explore macromolecules.
- Termasuk parameter CHARMM untuk perhitungan asam amino.

Perhitungan dengan metode gabungan
HyperChem memungkinkan kita untuk menjalankan perhitungan kuantum terhadap sebagian dari sistem molekular, misalnya terhadap solut, sedangkan sisanya dihitung menggunakan metode klasik. Tehnik gabungan ini (QM/MM misalnya) dapat dijalankan untuk semua metode kuantum, hanya saja agak terbatas untuk pemakaian metode ab initio.

source :Prof. Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si (Kimia Komputasi)

Selasa, 03 Januari 2012

Istilah-istilah dalam kimia komputasi

Molecular modeling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. (Leach, 2001).

Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. (Funkhouser, 2007).

Molecular Operating Environment (MOE) dikembangkan Chemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan.

OV (Orbital Viewer) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan orbital atom dan molekul, membuat animasi maupun untuk melihat penampang lintang (struktur dalam) orbital. Dapat pula dibuat gambar 3D (yang dapat dilihat dengan kacamata 3D sperti yang digunakan untuk melihat sinetron 3D). (Modul Struktur dan Kereaktifan Kimia Anorganik, Dr. Ismunandar)

ab initio berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial. (PENGANTAR KIMIA KOMPUTASI, Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si)
Kimia kuantum adalah sebuah aplikasi mekanika kuantum pada kimia. Kimia kuantum memungkinkan kita untuk memahami dan memprediksi struktur, sifat dan mekanisme reaksi dari berbagai bahan.
BS (Balls & Sticks) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) di dokumen pengolah kata (Word misalnya).
Mekanika Molekul merujuk pada penggunaan mekanika Newton untuk memodelkan sistem molekul. Pendekatan mekanika molekul secara luas diterapkan pada penemuan struktur molekul yang teliti, simulasi dinamika molekul, simulasi Monte Carlo, dan simulasi doking ligan.
Visualisasi data adalah proses menampilkan informasi dalam jenis representasi piktorial atau grafis. Sejumlah program komputer yang sekarang tersedia untuk menerapkan skema pewarnaan data atau bekerja dengan tiga dimensi representasi.

Orbital Gaussian atau Gaussian type orbitals (GTOs) adalah fungsi matematika yang menyatakan orbital atomdalam perhitungan orbital molekul. Istilah ini umum digunakan dalam kimia komputasi

Semiempirical yaitu perhitungan ditetapkan dengan struktur umum yang sama sebagai perhitungan HF. Dalam kerangka ini, potongan informasi tertentu, seperti dua integral elektron, yang didekati atau sama sekali dihilangkan. Dalam rangka untuk mengoreksi kesalahan diperkenalkan dengan menghilangkan bagian dari perhitungan, metode ini parameter, dengan melakukan suaian kurva dalam beberapa parameter atau nomor, untuk memberikan kesepakatan yang terbaik dengan data eksperimen.
Mekanika statistika adalah matematika berarti mengekstrapolasi sifat termodinamika bahan curah dari deskripsi molekul material. Banyak mekanika statistik masih pada tahap kertas dan pensil teori, karena mekanika kuantum tidak dapat menyelesaikan persamaan Schrödinger tepat lagi, mekanika statistik tidak benar-benar memiliki bahkan titik awal yang baik untuk perlakuan yang benar-benar ketat. Mekanika statistika perhitungan sering ditempelkan ke akhir perhitungan inito ab untuk properti fasa gas. Untuk properti fasa terkondensasi, sering molekul dinamika perhitungan diperlukan dalam rangka untuk melakukan percobaan komputasi.

Perhitungan simbolik, perhitungan simbolik dilakukan bila sistem yang terlalu besar untuk sebuah deskripsi atom-by-atom masih layak pada setiap tingkat pendekatan. Sebuah contoh mungkin gambaran membran dengan menjelaskan lipid individu sebagai perwakilan beberapa poligon dengan beberapa ekspresi untuk energi interaksi. Pengobatan semacam ini digunakan untuk biokimia komputasi dan bahkan mikrobiologi.

source: http://chittaputri.blogspot.com/2011/12/istilah-dalam-kimia-komputasi.html

Manfaat kimia pengobatan dan komputasi untuk penelitian pengembangan mateial baru

Manfaat dalam pengobatan :

Replikasi DNA,
DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi.

Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda.

Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan pencarian homologi.

source : http://webpustaka.com/berita/asam-deoksiribonukleat/

Manfaat dalam penelitian material baru :

CMD (computation material design) adalah pendekatan komputasi yang teori kerapatan fungsi membantu pengembangan material baru dengan 'properties' dan fungsi yang spesifik. Pada dasarnya, CMD menggunakan simulasi kuantum untuk memecahkan permasalahan sains material untuk dapat mendesain sebuah material yang cocok dengan spesifikasi yang ditentukan. CMD berpotensi tinggi dan berpengaruh terhadap riset dan pengembangan industri. Peran pemodelan dan simulasi seperti yang dijelaskan Hermawan K. Dipojono, diantaranya mengurangi biaya dan penghematan waktu, melengkapi pendekatan eksperimen dalam pencapaian fenomena fisik yang suit dilakukan dengan eksperimen, dan berguna dalam pencarian, pendesainan, peningkatan fungsi baru material. Simulasi komputer, seperti CMD, membantu pemahaman dalam pengaturan interlayer dan kereaktifan 'organo-clays' berdasarkan nanokomposit.

Salahsatu kegunaan CMD, seperti yang dijelaskan Prof. Hiroshi Nakanishi, yaitu dalam pengembangan sel bahan bakar 'fuel cell'. Potensi sistem energi hidrogen diperkirakan dapat mengatasi berbagai masalah yang ditimbulkan oleh sistem energi konvensional saat ini. Beberapa keunggulan sistem energi hidrogen diantaranya hidrogen dapat diproduksi dari berbagai sumber yang berkelanjutan, bersih dari emisi, performansi tinggi karena konvensi energi berefisiensi tinggi dan unit yang padat. Walaupun demikian, beberapa hal masih perlu dikembangkan dalam 'fuel cell' diantaranya pengurangan penggunaan platina (Pt) sebagai material elektroda mengingat keterbatasan jumlah dan harganya yang mahal. Pengurangan penggunaan Pt dapat dilakukan dengan teknologi berefisiensi tinggi atau dengan material alternatif. Hal lain yang perlu dikembangkan dalam 'fuel cell' yaitu menghilangkan efek racun (kontaminasi, efek beracun CO) pada reaksi 'fuel cell'. Kedua hal diatas berkaitan dengan reaksi yang terjadi pada proses dengan skala atomik (kuantum). Simulasi kuantum berbasis komputer dilakukan dengan teori kerapatan fungsi (DFT) sebagai dasar prinsip kalkulasi pergerakan elektron dan kalkulasi mekanikal kuantum untuk pergerakan hidrogen. Metode-metode simulasi kuantum yang dilakukan Prof. Hiroshi Nakanishi dan tim diantaranya perhitungan interaksi antara permukaan Hidrogen dan Pt menggunakan prinsip kalkulasi DFT, perhitungan potensi energi bagi pergerakan Hidrogen, penyelesaian rumusan SchrÃ¶dinger bagi pergerakan Hidrogen, penentuan fungsi gelombang bagi pergerakan Hidrogen, dan penentuan kuantitas fisik. Dengan efek mekanikal kuantum, ruang pembatas dapat dipersempit sehingga dihasikan energi kinetik yang lebih tinggi. Mekanikal kuantum digunakan juga dalam penghilangan efek racun pada reaksi di anoda yang disebabkan kekosongan atom dan adsorpsi CO dengan desain anoda dengan permukaan katalitik aktivitas tinggi dan tindakan balasan 'countermeasure' melawan efek racun CO. CMD memungkinkan klarifikasi 'properties' reaksi original pada permukaan ideal yang terdefinisi baik, analisis asal dari berbagai macam efek racun, dan desain bagi permukaan katalitik yang lebih aktif untuk tindakan balasan 'countermeasure' melawan efek racun.

source : http://www.itb.ac.id/news/itb_berita_2178.pdf

Manfaat kimia komputasi untuk pembelajaran

Kimia komputasi mempunyai manfaat dalam hal pembelajaran yaitu :

Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.
Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul.

source : http://flexaero.blogspot.com/2012/01/manfaat-kimia-komputasi-dalam.html

ChemPup

ChemPup adalah software unik yang dibuat dari Puppy Linux. ChemPup mempunyai program yang menunjang dalam hal pendidikan, penelitian, dalam lainnya dalam bidang kimia.
Adapun program-program yang ada di Chempup yaitu :

GElement – Tabel periodik dengan banyak informasi pada setiap unsur yang disajikan
ChemCalc – link utility web berbasis java utility yang dapat digunakan untuk kepentingan perhitungan berat formula (Mr), analisis CHN, dan distribusi isotop.
Nomen – sebuah program untuk membuat struktur 2D dari nama zat kimia kita berikan
JChemPaint Pembuat struktur kimia 2D yang berbasis java
BKChem – editor struktur zat kimia 2D yang diperluas (baru akan tersedia!)
JMol – Penampil (viewer) molekul secara 3D.
Avogadro – Pembuat melekular 3D yang powerfull, dengan optimasi medan-gaya dan simulasi dinamika molekular
ChemTool – Sebuah file spreadsheet yang dibuat secara khusus untuk kalkulator pengkonversi mol dan massa zat
Gnotebook – Sebuah file spreadsheet yang dapat digunakan untuk aktivitas laboratorium.

Berikut adalah tampilannya :

source : http://chemtoolbox.com/index.php/about-chemtoolboxcom.html

JMol (Platform : Windows, Linux, Mac)

Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.

Untuk menggunakannya silahkan download dan ekstrak file downlad-annya. Klik file Jmol.jar (di PC mestinya tersedia Javaruntime terlebih dahulu). Buka file yang support untuk dibuka dengan Jmol.

ACD/ChemSketch Freeware (Platform : Windows, Linux)

Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia . Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll. Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.

Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat email dan lain-lain). Setelelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.

Molegro Molecular Viewer (Platform: Windows, Linux, dan Mac OS X)

Sumber http://ahsystemsgroup.com

Aplikasi gratis dengan multiplatform yang digunakan untuk visualisasi molekul dalam format PDB, SDF, Mol2, dan MVDML. Fiturnya meliputi pembuatan molekul secara otomatis, visualisasi permukaan molekul dan backbone.

Ukuran file untuk windows sebesar 5,52 MB

Ukuran file untuk windows sebesar 9,41 MB

Untuk MacOSX saya belum coba, menungggu untuk punya MacOSX dahulu, bagi yang mau menyumbangkan Mac-nya untuk saya, dengan senang hati saya menerimanya

Untuk file-file dengan ekstensi pdb, bisa dibuat sendiri dengan aplikasi di atas atau men-download-nya dari elchem.kaist.ac.kr. Model molekul yang tersedia di situs ini adalah molekul-molekul organik dari yang paling sederhana hingga yang cukup kompleks.

Symyx Chime dan Symyx Draw (Platform: Windows dan MacOSX, Linux belum tersedia)

Sumber http://blog.goo.ne.jp/

Kedua aplikasi ini gratis (no fee) siapapun boleh mengunduhnya dan memakainya secara cuma-cuma. Sebelum mengunduhnya diharuskan melakukan registrasi dengan mengisikan beberapa data yang empunya situs perlukan. Sayang untuk platform linux belum tersedia jadi mesti menggunakan Wine agar bisa menjalankannya di linux. Kedua software ini saling melengkapi sehingga kita bisa memanfaatkannya dalam program pengajaran di kelas untuk mata pelajaran kimia.

Symyx Chime versi 2.6 SP8 berformat zip berukuran 3,9 MB. Chime merupakan plug-in yang secara interaktif menampilkan molekul 2D (dua dimensi) dan 3D (tiga dimensi) langsung di halaman Web. Kita juga dapat memutar, memformat, dan menyimpan molekul untuk digunakan dalam program lain.

Symyx Draw versi 3.3 berukuran cukup besar dalam format zip (66 MB). Dengan aplikasi ini kita bisa menyisipkan model molekul yang kita buat ke dalam halaman situs, dokumen, spreadsheet maupun presentasi.

Kalzium (Platform: Linux)

MarvinSketch (Platform: Windows, Linux, MacOS)

diunduh dari sini

web ChemAxon ini

source : http://urip.wordpress.com/2011/06/08/chempup-applet-kimia-pada-puppy-linux/